L'interconnexion de la GED Open Source avec le SI (Système d'Information) se retrouve aussi au niveau de la communication entre des outils métiers et la dématérialisation de processus. Partant du constat qu'une GED ne concerne pas seulement le classement et la recherche de fichiers informatiques mais aussi tout le traitement de processus métiers qu'il faut numériser, il est souvent important de pouvoir récuperer des informations issues des logiciels métiers déjà en place.
Les processus métiers (demande d'achat, de congé, processus clients ou fournisseurs) ne sont souvent que partiellement numériques. On utilise des outils (SAGE, CIEL, ERP ...) pour produire des documents informatiques (Bons de commande, de livraison, facture, devis, etc...) qu'on va enregistrer dans un format PDF pour l'envoyer en pièce jointe.
Si ce mode opératoire, extrêmement répandu, généralise l'utilisation des outils informatiques pour le traitement de ces processus, il suffit de constater qu'on a globalement remplacé la machine à écrire par un ordinateur mais qu'on a souvent oublié la numérisation du processus lui-même. Le nouveau processus exige encore beaucoup de manipulations (extrait du document métier au format fichier PDF qu'il faut joindre à un mail quand il ne faut pas l'imprimer, le faire signer puis le scanner) assez inutiles si on considère qu'on peut faire communiquer les bases de données entre elles pour récupérer les pièces métier des outils vers la GED.
Une Gestion Electronique de Document efficace doit pouvoir interroger les outils métiers et intégrer les documents informatiques issus de ces outils dans un traitement dématérialisé. La flexibilité de la sollution de GED et les capacités d'interrogation des outils métiers sont donc essentiels pour permettre cette dématérialisation du processus métier.